1941年春，随着马继援被提升为第82军的少将副军长，他的职责明显扩大。尽管马步芳依旧是军长的头衔持有者，实际上马继援已经在军事决策和指挥上发挥着主导作用。他经常举行作战会议，与参谋团队讨论如何调动部队、如何配置武器供应以及如何明智的选择战斗地点。

  1943年，蒋介石视察青海，作为当地最具影响力的家族，马步芳家族自然成为接待工作的重点。蒋介石的行程被安排得紧凑而庄重，其中一站便是参观培养马继援等青海军官的那所学校。这所学校虽名义上是为培养军事干部，但实际上，大多数学员都来自马氏宗族或其亲近势力。

  蒋介石到达学校时，校长和教官们早已在校门口列队迎接，学生们也统一着装，整齐站立，以示恭迎。马步芳亲自陪同讲解，详细的介绍了学校的办学理念、课程设置以及培养目标。

  视察过程中，蒋介石参观了操场上的军事演练，学员们展示了步兵队列、射击技巧以及战术演练等训练科目。教官们则在一旁向蒋介石详细说明这些训练内容的具体实施情况及学员们的日常表现。

  当参观接近尾声时，蒋介石在致辞中对学校给予高度评价，称其为“西北黄埔”，认为这所学校为西北地区培养了大批优秀人才，并在维护地方稳定和提升军队素质方面功不可没。他特别提到，西北地处偏远，资源相对匮乏，但依然能办出这样高水平的学校，这说明当地领导对教育和军事建设的重视。

  然而，这所学校的运作模式和生源构成背后另有深意。大部分学员并非通过公开招募选拔，而是马氏宗族内部推荐或是家族盟友的子弟。这样一来，学员毕业后大多继续效忠马氏家族，在西北地区的军政体系中占了重要位置，形成了马步芳家族稳固的权力网络。

  1945年抗日战争结束后，国共之间的矛盾迅速激化，内战爆发。由于西北地区复杂的地形和重要的战略意义，这片区域成为国共双方争夺的关键之一。

  当时的西北野战军计划快速占领合水，以打破在这一带的防线。战役开始后，采取了正面强攻的战术，凭借人数和火力上的优势，迅速压制了的防守部队。战斗初期的态势对极为有利，前线指挥官认为，合水的防线很快就能被突破。

  接到合水战场告急的情报后，马继援立即调集手下的精锐骑兵部队，从侧翼快速移动至合水附近。他没有直接加入正面战场，而是选择了一条更隐蔽的小路，绕过的主力，迅速穿插到的后方。

  当意识到后方出现敌军时，战场的局势已经急转直下。马继援的部队不仅切断了的补给线，还对后勤队伍发起了猛烈攻击，导致的弹药和粮草供应陷入困境。与此同时，前线的防守部队也趁机组织反击。两面受敌的情况下，陷入了进退两难的局面。

  面对敌军的突袭，迅速调整部署，试图重新夺回主动权。然而，马继援的骑兵部队继续保持高强度的机动性，频繁在战场上穿插和打击。他们利用地形优势和敌军内部的混乱，不断分割的队伍。尤其是在夜间作战中，马继援的部队多次突袭营地，进一步加剧了对方的混乱。战斗持续数日后，被迫放弃对合水的攻击，转而撤出战场以保存实力。

  1948年西府战役爆发时，西北战场形势紧张，西北野战军希望能够通过一系列进攻行动打破的防线，迅速掌控西北地区。战役初期，兵力部署较为集中，以重兵合围宝鸡，试图一举攻占这一战略重地。然而，马继援则利用自己熟悉地形和骑兵机动的优势，制定了极具针对性的战术。他调动骑兵部队，展开了一场极为灵活的反包围行动。

  在包围宝鸡的过程中，因对守军实力的判断稍显乐观，忽视了对侧翼的防护。马继援准确抓住这个漏洞，命令骑兵部队迅速集结，并以极快的速度绕到后方。他选择了一条山间小道行军，虽然路况艰难，但骑兵部队凭借高机动性顺利通过，最终出现在后勤补给线附近。

  在毫无防备的情况下，马继援的骑兵发起了突然袭击。他们切断了的补给线，迅速占领了几个关键据点，封锁了的退路。随着局势恶化，不得不调整策略，转而集中力量保全主力。战役结束时，马继援成功地迫使撤出宝鸡，暂时稳定了在西北地区的军事态势。

  1949年，为了解放西北人民，并解除中原战场的后顾之忧，第一野战军总司令彭德怀下令集中力量剿灭长期盘踞在西北地区、压迫当地百姓的马家军势力。此前，我军在与马家军的作战中因缺乏对青马骑兵的有效应对方式，多次遭受挫败。针对这一问题，我军自华北军区抽调了两个兵团加入西北野战军，大幅增强了兵力和火力配置。

  新的兵团到达后，西北野战军进行了针对性的战术调整，重点部署重火力对抗马家军的骑兵部队。每次战斗前，我军都会先动用重型火炮进行火力覆盖，将马家军的骑兵聚集点摧毁，然后用重机枪部队形成交叉火力网，对敌军冲锋队形进行压制。这种打法极大地削弱了马继援赖以生存的骑兵战术，使其部队的快速机动和迂回能力几乎失去了作用。

  1949年8月，西北战局对越发不利。此时，马步芳已被迫将西北部队的指挥权完全移交给儿子马继援，希望他能挽回局势。马继援接手后，试图整合剩余兵力，重新布防，但面对的强大攻势和有效战术，他显得力不从心。在兰州战役中发起总攻，重火力的持续打击使马家军无法有效组织反击。兰州城内的防御工事在几天内被逐一攻破，马家军精锐部队在战斗中几乎全军覆没。

  战后，马继援意识到局势已没有办法挽回。他的主力部队被消灭，补给线被切断，剩余的零散部队早已失去战斗力。在父亲马步芳的命令下，马继援和家人匆忙登上飞机，撤往广州。到达广州后，形势并未好转，随着继续南下，他们不得不再次辗转离开中国，最终定居埃及。

  马继援晚年的生活显然与他年轻时的辉煌完全不同。流亡海外的日子里，他的处境逐渐变得艰难，早已不复当年的权势和富贵。他定居沙特阿拉伯吉达多年，与国内的联系基本中断，但他始终关注着中国的动态，尤其是家乡的消息。

  2008年汶川大地震发生后，这场灾难引发了全球的关注，马继援从新闻中得知地震带来的巨大损失。他在当地华人社团的活动中，听到了许多关于灾区的详情，受灾民众的困境让他做出了行动的决定。他通过一名熟悉的中间人，将5000美元捐款交到慈善机构，用于支援灾区的救援和重建工作。虽然这笔钱对于一个国际援助项目来说并不算特别多，但对于当时的马继援而言，这是一笔不小的金额。

  两年后，2010年的青海玉树地震再度牵动他的心。地震的消息传来时，吉达的华侨组织迅速发起募捐活动，马继援在得知消息后主动联系了募捐的负责人，再次捐出了超过5000美元的款项。他对募捐的要求很简单，只希望可以直接帮助到那些受灾最严重的家庭。活动结束后，他还特意向组织者询问款项的具体使用情况，确保资金能够真正发挥作用。

  晚年的马继援生活简朴，依靠有限的积蓄和家人的资助度日。尽管他在国外多年，他仍时常提到自己的家乡青海以及年少时的记忆。

  2012年初，马继援的健康情况逐渐恶化。那一段时间，他基本无法出门，生活依靠家人照顾。他仍然关注国内的新闻，尤其是青海的发展变化。2月27日，马继援在吉达的住所去世，享年89岁。